Metod för detektion av NGT-mutation utvecklad

Ett problem med växter förädlade med nya genomiska tekniker, som CRISPR/Cas9, är att den genetiska mutation som inducerats inte går att särskilja från en mutation som uppstått spontant eller via konventionell förädling. Det skiljer en växt förädlad med nya genomiska tekniker från en transgen växt, där den nya genen går att identifiera och inblandning av en transgen växt i livsmedel eller foder går att kvantifiera genom relativt enkla laborativa tekniker.

Genetiskt modifierade växter som ska släppas ut på marknaden i EU omfattas av krav på identifierbarhet och spårbarhet, men i dagsläget är det inte tekniskt möjligt att uppfylla de kraven för en växt med mutationer som inducerats med nya genomiska tekniker. Det har därför inte gått att ansöka om marknadsgodkännande för växter förädlade med nya genomiska tekniker.

Forskare aktiva i det EU-finansierade projektet DARWIN har nu utvecklat en metod som kan göra det möjligt att detektera om ett livsmedel eller foder innehåller en känd genomredigerade växt. Metoden kräver att det finns bra genomsekvenser för den specifika växtlinjen, men också för andra varianter av växten inom samma art.

För att utveckla sin metod fokuserade forskarna på ett ris där de här kraven är uppfyllda. De använde en kombination av genomdatabasanalys, riktad storskalig sekvensering och maskininlärning för att skapa ett unikt genetiskt “fingeravtryck” för den genomredigerade rislinjen.

Metoden möjliggjorde sedan detektion av det genomredigerade riset, även om det förekom i mycket låga nivåer i livsmedlet, ner till mindre än en procent. Den nya metoden som söker efter genetiska fingeravtryck skulle under vissa förutsättningar kunna säkerställa att lagstiftningen kan följas.